1996年，吴孟超用自己的稿费、奖金和社会捐赠共500万元成立“吴孟超肝胆外科医学基金”，这是我国在肝胆外科领域设立的第一个专项基金。2004年，基金会更名为“上海市吴孟超医学科技基金会”，基金总额达2000多万元，设立了临床医学基础与应用研究项目基金、贫困地区学生救助专项基金、贫困地区乡村医生培训专项基金、国际合作与交流专项基金、小儿肝脏肿瘤治疗专项基金等，先后资助了数十位在肝胆外科领域做出创新性贡献的杰出专家，有力推动了我国肝胆外科的发展。